Sarajevski aerodrom je 15. augusta 1996. godine ponovo otvoren za civilni promet. Iako su civilne vlasti Bosne i Hercegovine upravljale dijelom aerodroma od aprila 1996., taj mjesec je označio početak borbe za vraćanje Aerodromu Sarajevo njegove primarne funkcije - civilnog zrakoplovstva.
Počevši praktično od nule, uz doniranu polovnu opremu, saniranu sortirnicu pretvorenu u improvizirani terminal, te radnike koji su se vratili na svoja mjesta nakon kratke obuke, proces obnove je postepeno napredovao. Konačno, 15. augusta 1996. godine, Aerodrom Sarajevo je zvanično otvoren za civilni promet, ispunjavajući dugogodišnji san zaposlenih.
Ubrzo nakon otvaranja, uspostavljene su avio-linije: Croatia Airlines je povezala Sarajevo sa Zagrebom, a turska kompanija Top Air sa Istanbulom. Do kraja 1996. godine, Aerodrom Sarajevo je opslužio 26.000 putnika, postavši jedini funkcionalni aerodrom za civilno zrakoplovstvo u Bosni i Hercegovini. Paralelno, vršene su sanacije manevarskih površina, tehničkih objekata i kontrolnog tornja.
Početkom 2001. godine, uspješno je završena generalna rekonstrukcija terminalne zgrade, uključujući novu tehnologiju i vrhunsku opremu. Svečano otvorenje u martu 2001. godine označilo je završetak opremanja aerodroma svim neophodnim sadržajima za udobnost putnika, čime je započelo novo doba efikasnog rada i postizanja vrhunskih rezultata.
